Evrimcilerin açıklama getiremedikleri konulardan biri de, insanı diğer tüm canlılardan ayıran bazı özelliklerin evrim sürecinde nasıl kazanıldığıdır. İnsan, bilinçli, irade sahibi, düşünebilen, konuşabilen, akledebilen, karar verebilen, muhakeme yapabilen bir varlıktır. Bütün bu özellikler de onun sahip olduğu "ruh"a ait işlevlerdir. İnsanla diğer hayvanlar arasındaki uçurumu doğuran en önemli fark da işte bu "ruh"tur. Hiçbir fiziki benzerlik, insan ile diğer bir canlı arasındaki bu en büyük farkı kapatamaz. Doğada ruhu olan tek canlı insandır. Ve evrim teorisinin hiçbir "sözde mekanizması" ruhun ve ruha ait özelliklerin varlığını ve oluşumunu açıklayamaz. Nitekim Darwin de dahil olmak üzere bütün evrimciler bunun farkındadırlar. İşte evrimcilerin bu konudaki itiraflarına dair birkaç örnek:

Charles Darwin:

Son iki bölümde, insanın, vücut yapılışında aşağı bir biçimden türediğinin izlerini taşıdığını gördük, ama insan zihin gücü bakımından bütün öbür hayvanlardan öylesine farklıdır ki, varılan bu sonuçta bir yanlışlık olabileceği ileri sürülebilir.300

Prof. Cemal Yıldırım:

Bugün yanıtlaması kolay olmayan soru şudur: İnsanın evrimini yönlendiren doğal etkenleri biliyor muyuz? Başka bir deyişle, doğa hangi koşulların etkisinde "insan" dediğimiz bilinçli, kültürel etkinliğe yetkin organizmaya yönelmiştir?301

Darwin, evrimin "itici gücü" diye önerdiği doğal seleksiyonu biyolojik düzeyde yeni tür ve formların oluşmasıyla sınırlı tutmakta, en belirgin biçimleriyle insanda gördüğümüz duygusal, zihinsel ve moral yetilerin gelişme süreçlerinde, dahası "kültür" ve "uygarlık" dediğimiz çeşitli etkinliklerin ve araçların ortaya çıkmasında da etkili saymaktadır. İnsan yalnız biyolojik varlığıyla değil, psikolojik, moral ve kültürel alanlardaki ilerlemesiyle de doğal seleksiyonun ürünüdür, ona göre.

Ancak amaçsız, mekanik bir düzenek olan doğal seleksiyonun, bu olağanüstü gelişmelere nasıl yol açtığı açık olmaktan uzaktır. Darwin'de bu güçlüğün doyurucu bir açıklamasını bulduğumuzu söyleyemeyiz.302

İnsan, Allah'ın kendisine verdiği ruha sahip, düşünebilen, sevinebilen, heyecanlanabilen, fikirler üreten, onur, saygı, sevgi, dostluk, vefa, samimiyet, dürüstlük gibi kavramları bilen bir varlıktır. Materyalistlere göre ise, bütün bunlar insan beyninin içindeki nöronlar (sinir hücreleri) ve bunlar arasındaki kimyasal reaksiyonlardan ibarettir. Oysa bu, ne bilimsel ne de mantıksal açıdan savunulabilecek bir iddia değildir. Materyalistler maddenin ötesinde bir varlığın mevcut olduğu gerçeğini kabul etmemek için, akıl ve mantıkla bağdaşmayan bu gibi iddiaları kabul ederler. Oysa insanı diğer canlılardan ayıran bütün bu özellikler, sahip olduğu "Ruh"un işlevleridir.

Moral (ahlaki) davranış doğal değil, insana özgü kültürel bir olaydır. Darwin'in bu ayrımı yeterince göremediğini biliyoruz. Görmüş olsaydı, insanın akıl ve moral bilincine bağlı etkinliklerini de biyolojik evrim çerçevesine alma yoluna gitmezdi. Ona göre düşünceye "beyin" dediğimiz organın öz suyu gözüyle bakılmalıydı. "Yerçekimi nasıl maddenin bir özelliği ise düşünce de beynimizin bir özelliğidir", diyor Darwin. Ama fizyoloji ile psikolojiyi karıştıran bu benzetme yerinde midir?.. Bu noktada Darwin'in yanılgıya düştüğü açıktır.303

Hoimar Von Ditfurth:

İzlediğimiz doğa tarihi ve genetik gelişme yolu üzerinde, bilincin, ruhun, zekanın ve duygunun ne olduklarına ilişkin bir yanıt veremeyeceğimiz gün gibi aşikardır. Çünkü psişik-bilinçsel boyut, en azından bu dünyada, şu anda, evrimin gelip gelebildiği en üst boyuttur. Dolayısıyla da evrimin öteki aşama ve basamaklarına, gene bilincimiz yardımıyla, dıştan, onların üstüne yükselerek bakabildiğimiz halde, bilincin (ruhun) kendisine böyle bir yaklaşım yapabilme olanağından yoksunuz. Çünkü elimizde bilincin kendisinden daha gelişmiş bir üst merci bulunmamaktadır. Evrim kuramcılarının deyişiyle, ruhsal dediğimiz şeyi bir bütün olarak görüp kavrayabileceğimiz bir düzlemden ne yazık ki yoksunuz.304

Roger Lewin:

Fiziksel anlamda, insanın evrimi hakkındaki herhangi bir teorinin, güçlü çeneleri ve iri kesici dişleri olan ve bizden dört kat hızlı koşan maymun benzeri bir atanın nasıl yavaş yavaş, iki ayaklı bir hayvana dönüştüğünü açıklaması gerekir. Bu güçlere aklı, konuşmayı ve ahlakı ekleyin, bunların hepsi evrim teorisine baş kaldırmaktadır.305