Evrim teorisine sözde delil sunma çabalarıyla canlılar arasındaki benzerliklere "ortak ata" yorumu yapılmıştır. Bu amaçla canlılardaki her benzerlik, aralarındaki evrimsel bir ilişkinin kanıtı olarak yorumlanmıştır.

Ancak bilimin son 20-30 yıl içinde sunduğu bulgular, canlılar arasındaki benzerliklerin evrim teorisine bir delil olamayacağını göstermiştir:

1- Evrimcilerin hiçbir evrimsel bağ kuramadıkları, bütünüyle farklı sınıflara ait canlılarda bile "homolog" (benzer) organların var olması,

2- Benzer organlara sahip canlılarda, bu organların genetik şifrelerinin çok farklı olması,

3- Bu organların embriyolojik gelişim safhalarının birbirinden çok farklı olması, homolojinin evrime hiçbir dayanak oluşturmadığını göstermiştir.

Bu durum -farklı canlı türleri arasında benzer yapıların olması ancak bu canlıların arasında evrimsel bir bağ kurulamaması- evrim teorisi için büyük bir problemdir. Nitekim evrimciler de bu durumdan duydukları sıkıntıyı sık sık dile getirirler:

Frank Salisbury:

Göz kadar kompleks bir organ bile farklı gruplarda ayrı ayrı ortaya çıkmıştır. Örneğin ahtapotta, omurgalılarda ve artropodlarda. Bunların bir defa ortaya çıkışlarını açıklamak yeteri kadar problem oluştururken, modern sentetik (neo-Darwinist) teoriye göre, farklı defalar ayrı ayrı meydana geldikleri düşüncesi başımı ağrıtmaktadır.366

William Fix (Evrimci biyolog):

Evrim konusunda homoloji fikrine sıkça başvuran eski ders kitaplarında, farklı hayvanların iskeletlerindeki ayakların yapısı üzerinde özellikle duruluyordu. Dolayısıyla bir insanın kolunda, bir kuşun kanatlarında ve bir yarasanın yüzgeçlerinde bulunan pentadactyl (beş parmaklı) yapı, bu canlıların ortak bir atadan geldiklerine delil sayılıyordu. Eğer bu değişik yapılar, mutasyonlar ve doğal seleksiyon tarafından zaman zaman modifiye edilmiş aynı gen-kompleksi tarafından yönetiliyor olsalardı, bu teorinin de bir anlamı olacaktı. Ama ne yazık ki durum böyle değildir. Homolog organların, farklı türlerde tamamen farklı genler tarafından yönetildiği artık bilinmektedir. Ortak bir atadan gelen benzer genler üzerine kurulmuş olan homoloji kavramı çökmüş durumdadır.367

Dr. Christian Schwabe (Science dergisindeki bir makalesinden):

Moleküler evrim, evrimsel akrabalıkların ortaya çıkarılması için neredeyse paleontolojiden daha üstün bir metod olarak kabul edilmeye başlandı. Bir moleküler evrimci olarak bundan gurur duymam gerekirdi. Ama aksine, türlerin düzenli bir gelişme kaydettiğini göstermesi gereken moleküler benzerliklerin pek çok istisnası olması oldukça can sıkıcı görünüyor. Bu istisnalar o kadar çok ki, gerçekte, istisnaların ve tuhaflıkların daha önemli bir mesaj taşıdıklarını düşünüyorum.368